Od konce 16. století se konaly poutě ke staroboleslavskému zázračnému reliéfu též z Prahy. Mariánský obrázek, jedna z důležitých součástí svatováclavské tradice, se těšil pozornosti i v kruzích nekatolických dávno před Bílou horou. Přišel čas neklidu v naší zemi, třenice mezi Rudolfem II. a Matyášem, mezi císařem a stavy, mezi katolíky a protestanty.
Klid nepřinesl ani Majestát Rudolfa II. z 9. července 1609 o rovnoprávnosti náboženství. Právě v létě roku 1609, kdy čeští katolíci putovali ve velkém průvodu z Prahy do Staré Boleslavi prosit Pannu Marii o záchranu své víry a české vlasti před německým protestantismem a před poněmčením, byl mariánský reliéf prohlášen za Palladium, záštitu české země, ve smyslu jména antické bohyně Athény Pallas, Athény Ochránkyně. V obavě o osud národa putovali čeští katolíci z Prahy do Staré Boleslavi v procesích, jichž se účastnili příslušníci církve, šlechty, měšťané, řemeslný i selský lid a sláva a úcta k Palladiu mezi lidem vzrůstala.
V roce 1610 čítala staroboleslavská pouť na svátek Nanebevzetí Panny Marie na dva tisíce poutníků, další rok již šest tisíc. Až do zrušení řádu v roce 1773 o poutní tradice pečovali jezuité a do Staré Boleslavi přicházela procesí z řady velkých i vzdálených českých měst, v některých létech 18. stolení se ve Staré Boleslavi sešlo i na padesát tisíc poutníků.
Nechyběli ani císaři, kteří při té příležitosti užívali pohostinství zámku v Brandýse nad Labem. Po vzoru svého otce Ferdinanda III. putoval roku 1657 k Palladiu císař Leopold I., Karel VI. ve svém korunovačním roce 1723, císařovna Marie Terezie roku 1736 a před svou korunovací českou královnou v roce 1743. Svůj niterný vztah ke staroboleslavské svatováclavské a mariánské tradici tu v českém společenství prožíval i poslední český král a rakouský císař, blahoslavený Karel I. Rakouský v létech 1908–1912, ještě za své služby důstojníka brandýských dragounů. Upřímnost rodové úcty k této české tradici na počátku třetího tisíciletí znovu potvrdil prvorozený syn blahoslaveného Karla I. Dr. Otto Habsburský, když v roce 2008 přijel do Staré Boleslavi k oslavám 370. výročí návratu Palladia.
Starý kostelík Panny Marie a sv. Jiří brzy přestal poutnímu provozu stačit, tak se přikročilo ke stavbě velkého a důstojného poutního chrámu. S jeho budováním začal v roce 1617 italský stavitel Jaccoppo de Vaccani na popud císařovny Anny, manželky císaře Matyáše. Stavba byla dokončena a vysvěcena roku 1723 a svou architektonickou koncepcí, jejímž autorem byl dvorský architekt Giovanni Maria Filippi, patřila k prvním chrámových stavbám ve stylu raného baroka v Čechách.
V důsledku třicetileté války se stavba zdržela, takže severní věž kostela dostavěl Abrahám Leuthner roku 1675 a jižní až v roce 1749 Kilián Ignác Dienzenthofer, který také nově vyřešil průčelí chrámu se sochami hlavních českých světců s Palladiem. Vnitřní výzdoba a zařízení chrámu, do něhož se podnes vchází původními, bohatě řezbovanými raně barokními dveřmi, je provedena ve stylu vrcholného baroka. Hlavní oltář, realizovaný podle návrhu Františka Maxmiliána Kaňky je zdoben sousoším Nanebevzetí Panny Marie a sochami sv. Václava, sv. Ludmily a sv. Kosmy a Damiána z dílny Matyáše Bernarda Brauna.
K úchově Palladia sloužil zvláštní oltář, schrána v levé straně presbytáře, situovaná v místě původní kapličky, je opatřena stříbřenou mříží s osmi korunovanými hvězdami rodu Šternberků. Také boční kaple chrámu, zasvěcené významným událostem ze života Panny Marie, byly vyzdobeny na náklady šlechtických donátorů a nesou jejich jména: Černínská, Berků z Dubé, Lažanských, Slavatovská, Valdštejnská a Morzinsko-Martinická. Areál poutního chrámu byl v rozmezí let 1728–1731 doplněn ambity, které roku 1775 freskovou výmalbou vyzdobil Josef Kramolín.
Palladium v ohrožení. Ochrana posvátného obrazu – Palladia, který je uložený ve zvláštním oltáři v poutním chrámu Nanebevzetí Panny Marie ve Staré Boleslavi, nebyla v dobách minulých vždy jednoduchá. Naši předkové se v časech ohrožení věcí českého národa utíkaly k Palladiu o pomoc a věřili v jeho mocnou záštitu, bylo-li Palladium na svém místě v Čechách.
Při vpádu Sasů do města počátkem roku 1632 byl kostel vyrabován a Palladia se zmocnil saský velitel Vavřinec z Hoffkirchu. V Praze je nechal přibít na staré židle naproti šibenici na Staroměstském náměstí. Pak je držel v zajetí v Sasku a trvalo šest let, než se podařilo za vysoké výkupné, jehož hlavní díl složila Benigna Kateřina z Lobkovicz, získat Palladium zpět. Obraz Panny Marie byl vykoupen na tu dobu za neuvěřitelných 100 tisíc zlatých.
Je s podivem, že národ zdecimovaný válkami byl schopen tak vysoké výkupné zaplatit. Pro srovnání, o jakou hodnotu se jednalo, můžeme uvést, že menší panství se zámkem, lesy a polnostmi se dalo v té době pořídit přibližně za pět tisíc zlatých.
Po vykoupení bylo Palladium slavnostně vráceno do Staré Boleslavi 12. září 1638. Navrácení se zúčastnil i císař Ferdinand III. Tuto událost, která lidem dala na chvíli zapomenout na válečné útrapy, obšírně popisuje ve svých Památkách staroboleslavských Jan Křtitel Votka:
„…Veliký poutní průvod vyšel v neděli 12. září 1638 od Lorety na Hradčanech a skrze Hrad pražský, přes Prašný most a dál Prahou přes Poříč a Libeň na Prosek. Zde se průvod zastavil a Palladiu se přišel poklonit nepřehledný zástup z Proseka i okolí, než pokračoval v putování směrem k Brandýsu. V čele šli pražští řeholníci a duchovenstvo, kanovníci a pražský arcibiskup kardinál Arnošt hrabě Harrach, za ním preláti nesli na ramenou drahokamy a perlami zdobený trůn s Palladiem. Poté kráčel sám císař Ferdinand III. se svým dvorem, za ním dlouhá řada šlechty a představitelů Království českého a pak nesčetný dav.
V noci, za světel pochodní, dorazil průvod cestou přes Kbely do Brandýsa, kde jej spolu se staroboleslavskými kanovníky očekávali arcibiskup a císař, kteří od hranic Prahy dojeli kočáry. Na bohatě osvětleném brandýském náměstí bylo Palladium položeno na oltář, a staroboleslavský kanovník Diviš Měsíček jej uvítal českou řečí. Pak bylo neseno dál na ramenou kanovníků pod vysokými nebesy, za nimiž opět kráčel Ferdinand III. s kardinálem Harrachem a všemi ostatním poutníky. Když bylo Palladium v chrámu Nanebevzetí položeno na hlavní oltář, pronesl opět česky své kázání kapitulní děkan Jiří Bílek.
Svědectví praví, že i císař, který „české řeči mocen byl“, byl hluboce dojat, a v jeho jménu pak vystoupil někdo z pražských učenců s projevem latinským, a chrámu byly obětovány císařské dary. Zazněly Loretánské litanie a nad ránem se císař odebral na brandýský zámek – ale pouť trvala ještě dalších osm dní a k té příležitosti byla i pamětní mince ražena…“.
O rok později muselo Palladium Starou Boleslav znovu opustit, aby bylo skryto před Švédy, a zůstalo nejprve krátce v Praze a poté ve Vídni v opatrování císařského páru – Ferdinanda III. a císařovny Marie Anny. Císař nechával před Palladiem sloužit pravidelně bohoslužby s prosbami za ochranu svých zemí zmítaných válkou. Pod záštitou staroboleslavského Palladia se císařovně Marii Anně dne 9. června 1640 narodil syn Leopold, pozdější císař Leopold I., obránce Evropy před osmanskou říší a rovněž častý host ve Staré Boleslavi a na zámku v Brandýse nad Labem. Až po sedmi letech, roku 1646, bylo Palladium převezeno z Vídně do katedrály sv. Víta a 19. srpna se, opět s velkou slávou, vrátilo do Staré Boleslavi.
